10月2日，超百年一遇的台风“龙王”，以迅雷不及掩耳之势袭击福建。当晚，暴雨倾盆，福清城区成了水乡泽国。
    正在休假的何灵基，当天中午就赶往阳下信用社布置防抗台风工作。当晚8时许，他去电得知大水已漫进西亭分社，立即和福清市信用联社保卫科长黄燕飞驱车赶往分社，和员工们一起把10多万元现金、空白重要凭证、电脑等转移到安全地带。
    据黄燕飞回忆，当晚9时许，返回途中到达圣帝桥时，正值停电，眼前一片漆黑。就在这时，何灵基的手机响了——原来是阳下信用社告急！而通往阳下镇的整条道路已完全被洪水淹没。黄燕飞提醒说，再赶往阳下信用社比较困难，后果可能不堪设想。何灵基却一心牵挂着阳下信用社，焦急地告诉黄燕飞，他恨不得能飞到社里，因为那里还有1名员工以及40多万元现金、电脑、空白重要凭证等重要物资。
    话未说完，黄燕飞突然发现车已经无法刹车，原来是暴涨的洪水浮力已把车身托离路面，水从车窗漫进车里，一个浪头冲得汽车转了一圈，随即就被无情的洪水淹没。危急之中的黄燕飞从水中翻滚的车内挣脱，就被洪水顺着大北溪冲到五十几米远处，抓住一根电线杆的固定线，蹬着溪边的石块才得以脱险。等他定下神时，何灵基连同汽车早已不见了踪影……
    从圣帝桥到阳下信用社，虽只不到一分钟的车程；可这不到一分钟的路程，何灵基却再也无法跨越。
    西亭分社的员工林峰回忆起何灵基，一度哽咽。“没来时，我一再叮嘱何主任洪水这么大，来不了就不要来了；临走时，何主任还一再交代我们要注意安全。可没想到，我们都没事，他自己却……”
    阳下信用社信贷员张可明回忆说，在他第三次拨打何灵基的手机时，何灵基告诉他：“水非常大，我就到桥头了，你要注意安全，东西能拿就拿，人一定要先转到安全的地方。”但他没想到，这竟是他最后一次听到何灵基的声音。
    “他这个人有很强烈的敬业精神。” 张可明说，当天不是何灵基带班，他本可以不用到信用社，而他中午听了天气预报就来了；当天晚上，西亭分社已有值班人员，他本可以不去，而他去了；去了之后，他也可以不必立即赶回阳下信用社，可他却放心不下，还是要赶回来……
    何灵基失踪后，所有的同事、朋友、客户、乡亲350多人从四面八方自发到出事地带搜寻，福州市委常委、福清市委书记陈瑞麒，市长杜源生，以及省、市农村信用联社领导高度重视，组织全力搜救。
    10月7日上午，终于在距出事地点3公里远的西门桥下河床中找到了何灵基的遗体，无情的洪水将他浸泡了整整5天5夜，外表已无法辨认，但他身上仍紧紧挂着转移单位财产后的钥匙。
    10月12日，在距出事地点100多米的河边发现了被淤泥掩盖达30多公分深的汽车，车身已完全分离破损。