1945年3月底，何主持的陆军总司令部策定打通广州到海口的计划，遭到日军破坏；何即从4月初开始组织湘西战役，首先督率第四方面军王耀武部阻敌于雪峰山，命第二方面军汤恩伯部攻击日军侧背。5月初，又令陆军全线反攻。6月2日，湘西会战结束，歼敌万余。同时，他令二、三方面军向广西进军，5月收复南宁、河池，6月克柳州，7月克龙州，复桂林。何在此期间曾飞赴前线各要点考察部队情况，将陆军总司令部由昆明推进到柳州，在南宁设指挥所。当何在南宁行署按计划向广州和雷州半岛进军时，8月10日，日军宣布无条件投降。

8月12日，何由南宁飞赴昆明与美军作战司令麦克鲁交换处理日军投降意见；13日飞赴重庆，参加中美最高幕僚会议，听取对中国战区接受日军投降计划及意见，其后核定有关事项并对各部队下达准备出发命令；20日飞抵湖南芷江四方面军王耀武部；翌日，日军投降代表今井武夫到达芷江，接受何给予的有关投降事宜备忘录。27日，何令前进指挥所人员飞往南京，何亦乘飞机到恩施、安康、西安、遂川、南城等地视察，并对各战区司令长官指示处理受降事宜。

1945年9月8日上午9时，由8架战机护航，何应钦乘坐“美龄号”飞机从湖南芷江飞临南京。何应钦下飞机后，在第一战区空军司令孙桐岗的陪同下，乘车径赴设在南京中央军校内的中国陆军总部指挥所。何应钦一到住地后，马上着手布置第二天的受降仪式。由谁来主持这次中国战区的受降仪式，蒋介石是颇费了一番心思的。当时不少人建议，受降仪式大典应由蒋介石来主持。理由是，蒋是国民政府的委员长，也是中国军队的最高统帅，他主持这个仪式责无旁贷。蒋介石再三考虑后，没有同意，而决定由何应钦代表他来南京主持。

为什么让何应钦来南京，蒋出于四点考虑：

第一，代表日本投降的冈村宁次，军阶只是大将，并非日军最高首脑。而自己身为中国统帅、特级上将，主持受降，会有失身份；

第二，何应钦是中国战区陆军司令，一级上将，职务与军阶与冈村宁次相似，外交上对等；

第三，在抗战一结束，蒋介石即提出对日军要不念旧恶“以德报怨”，而何应钦对此理解最深。何与冈村宁次是老朋友，在办理有关投降交接事务时，比较方便。

第四，让何应钦主持受降仪式，可为他重树九一八以来对日妥协、代己受过的形象。

基于以上几点，蒋决定由何应钦主持这次全世界都非常关注的受降大典。

第二天上午9时9分，在南京原军校大礼堂举行“中国战区日本投降签字典礼”，按照国际惯例及当时规定，受降仪式上，冈村宁次等降将应在中国军队押送下带指挥刀入场，亲手交何，象征缴械投降。但何却在头一天派人到冈村住的地方，告诉冈村，在受降大典时可以带军刀，也可以不带军刀。如果是要带军刀必须在礼堂内当众缴呈给何应钦。日本军人将军刀视为自己的灵魂，有的人宁死不缴刀。冈村听说后，对何应钦的关照心存感激，在投降仪式上当然就不会带上军刀了。全中国人民都等待着、期盼着，他们想看一看日本侵略军头子冈村，在受降仪式上，是怎样低头认罪，向中国人民缴上自己的军刀，举手投降。然而，他们失望了。投降仪式上，并没有出现这激动人心的一幕。

受降仪式开始时，坐在受降席上方的是中国陆军总司令何应钦，及陆、海、空军上将顾祝同、陈绍宽、张廷孟等5人；下方投降位置上是日本驻华派遣军司令冈村宁次大将，参谋长小林线太郎中将，副总参谋长今井武夫少将和舰队司令官福田中将等人；东西两侧观察席上有美国军官和中外记者，中国官员汤恩伯、李明扬、郑洞国、廖耀湘、谷正纲等人。日军参谋长把日军的编制、人数、装备、驻地等清册双手捧交给何的参谋长肖毅肃。肖用一只手接过清册。接着是冈村宁次向何应钦递交投降书，冈村两腿立正，弯腰低头，双手将降书送到何手里。

事前规定，日军投降代表前后应向何敬礼三次，何不必还礼。但冈村向何交降书时，何禁不住起身还礼，使在场的中外记者及有关人员瞠目结舌。何当时是故意而为之，还是情不自禁地站起来还礼，这就不得而知了。当时任中国陆军总司令的何应钦，不但代表中国政府和人民，而且也代表东南亚战区盟军，包括苏、越、朝、缅、泰等国接受冈村代表日本政府投降。这是何一生中最值得炫耀出尽风头的事，是他一生中的顶点。此后，他在国民党中的官运就日渐式微，开始走下坡路了。

在主持日军投降大典之后，何应钦忠实执行蒋介石的“以德报怨”方针，尽可能地少刺激日本战犯和战俘，以便能拉拢日本政界。如日俘回国，按照盟军惯例，每俘只能携带15公斤的行李。可是何应钦主动提出增至50公斤。最后，由于反法西斯阵营的干预，才减为30公斤。当时从上海上船的日俘，除武器外，什么东西都可以带，包括从中国战场上掠夺的无数金银财宝、古董文物。对此，当时的舆论界也有不少议论。

对如何惩治这些在中国土地上犯下滔天罪行的刽子手，何应钦也一再主张宽大，对他们不按国际法处置。头号战犯冈村宁次竟成为“中国战区日本官兵善后联络部长官”。全部侵华日军中，只有145人被处死刑，400余人判徒刑。

在何应钦的宽容下，制裁日军战犯就这样走了过场。

1946年6月何应钦被任命为联合国安理会参谋团中国代表团团长，赴美前他专门给刚上台的国防部部长白崇禧打了一通电话，在电话中他对白崇禧说：“冈村对共产党很有研究，对他要宽大处理，我们以后对付共产党，他是很有用的人物。”在何应钦的庇护下，1949年1月31日，南京军事法庭宣判，冈村宁次无条件释放。国民党政府即将垮台时，何又不顾中国共产党和中国人民的一致反对与抗议，将冈村送上了逃往美国的轮船。冈村宁次在何应钦等人的保护下，逃脱了历史的惩罚。