霍梅尼在获释后未有改变态度，他在1964年11月4日早上再次

　　身在土耳其布尔萨的霍梅尼。

　　被捕，当天下午随即被军用运输机流放至土耳其。霍梅尼在外流亡了14年，当中大部分时间都处身在伊拉克圣城纳杰夫。他在布尔萨停留了不足一年，由于他未能在当地另觅住处，他只好在土耳其军方一名叫阿里·切蒂纳的情报人员家中作客。1965年10月，他获准迁往伊拉克纳杰夫。到1978年，时任伊拉克副总统的萨达姆·侯赛因向霍梅尼表示他应该要离开(伊朗与伊拉克两国在这两人得势的一年后随即爆发了长达八年的战争)，霍梅尼被迫离开。此后，霍梅尼在没有寻求政治庇护的情况下签证前往法国巴黎市郊的诺夫勒堡(Neauphle-le-Ch?teau)，他在那里停留了四个月。据外部文档和反间谍机构(今对外安全总局)的长官亚历山大·德·马朗什(Alexandre de Marenches)所说，法国总统瓦勒里·季斯卡·德斯坦派遣米克尔·波尼亚托夫斯基(Michel Poniatowski)到德黑兰与沙阿商讨霍梅尼在法国的去留问题，沙阿婉言拒绝了法国将霍梅尼驱逐出境的建议，唯恐他会迁至叙利亚或黎巴嫩。

　　霍梅尼在1940年代接纳1906年伊朗宪法规定的有限君主制，这可见着霍梅尼所著的《揭秘》里，但是他在1970年代抛弃了这个想法。

　　在1970年代初，霍梅尼在纳杰夫有一系列关于伊斯兰政府的演讲，其后出版了名为《伊斯兰政府》或《伊斯兰政府：法学家的权力》(Hokumat-e Islami : Velayat-e faqih)的书籍。

　　《伊斯兰政府》是霍梅尼笔下最著名及最具影响力的作品，勾勒出他在当时的管治理念：

　　●社会的法则应该只可以由真主的法则(沙里亚法规)组成，涵盖所有“人文事务”，为“人文生活”的每个“主题”提供教化和建立规范。

　　●沙里亚法规或伊斯兰法律是妥当的法律，政府公职人员应该对沙里亚法规有所认识。由于伊斯兰教法学家和法基赫研习法律，他们最为熟识沙里亚法规，因此国家的统治者也应该是伊斯兰法律和法理“知识较他人优胜”的法基赫，他们应兼备才智及行政能力。君主统治或“声称代表大部分民众”的议会在伊斯兰教里都被认为是“邪恶”的。

　　●宗教统治的制度是必需的，用以防止强权对贫弱民众的不公、腐败和欺压及对伊斯兰法律及沙里亚法规的违背，并瓦解非穆斯林外国势力的反回教影响和阴谋。

　　在霍梅尼及其支持者掌权后，他们采用法基赫的监护的改良版本，霍梅尼成为伊斯兰共和国的第一位“监护人”或“最高领袖”。

　　与此同时，霍梅尼尽量避免将他的宗教统治理念向反沙阿的非伊斯兰网络宣扬。

　　在伊朗，沙阿的一些行动诸如压制反对派开始招致对政权的强烈对抗。

　　霍梅尼演讲的磁带复本严厉地贬斥沙阿为“犹太人的代理人、头部被石头砸碎的美国大蛇”，这些磁带复本在伊朗的市场里大行其道，使沙阿的权势和尊严逐渐褪色。纵使伊斯兰改革派及沙阿的世俗主义敌人与霍梅尼的意识形态大相迳庭，他还是意识到扩大根基的重要性，于是开始接触他们。

　　阿里·沙里阿提(伊斯兰改革派、作家及哲学家，他大力地向年轻、受过良好教育的伊朗人宣扬伊斯兰复兴)在1977年逝世后，霍梅尼成为了反对派里影响力最大的人物。在1970年代，伊朗人之间流传着出自伊玛目穆萨·卡齐姆的格言，使霍梅尼添上神秘色彩。穆萨·卡齐姆在799年临终前预言“一位来自库姆的男子会带领人民走向合适的道路”。1978年末，有谣传指霍梅尼的模样出现在满月上，包括知识分子在内的大量民众声称曾经目睹，许多伊朗人都视霍梅尼为反对派的精神领袖，他的形象和重要性随着示威活动的滋长而壮大。虽然巴黎与德黑兰千里迢迢，霍梅尼依然在背后为革命设立进程，他呼吁伊朗人不要妥协，指示他们要停工来对抗巴勒维政权。他在流放生涯的最后数个月里，源源不绝的记者、支持者及贵族都来拜访霍梅尼，以一睹这位革命精神领袖。