1949年广东解放后,人民政府遵守中央制定的宗教政策,予虚云以礼待。虚云却对在云门寺、南华寺所在地区进行的民主改革,暗加抵制。1952年,南华寺僧本焕等因反革命罪被公安机关依法逮捕,虚云曾为之叫屈。同年,虚云应邀离粤赴上海参加和平法会,建水陆道场49天。他的爱国表现受到欢迎。冬,应邀赴北京参加发起中国佛教会会议。1953年夏,中国佛教会在北京广济寺成立,虚云被推为名誉会长之一。同年,往江西永修真如寺任住持,并主持扩建工程。1959年10月13日,因患噎膈慢性消化不良症在真如寺圆寂。
注:虚云生年有多说,随着时间的推移,他将出生年不断提前。自称生于同治十年、同治三年、咸丰二年、道光二十六年、道光二年等。其舅父于解放后应广东韶关文化馆调查,言其生于同治十年(1871),本文依此说。