在《运行》将要出版的时候，罗马教廷正在考虑对策。1541年，红衣主教施福治向教皇休罗献策：“我建议不要理睬这种渎神的言论，因为既然恶魔已点了火，你再去给它煽风，火就会烧得更大。最好是不闻不问。”罗马教廷很赏识这个建议。同时，由于哥白尼的著作是用拉丁文写的，而且只有懂数学的人才能看懂，在市民阶层中影响不大，因此，罗马教廷在70多年间没有对哥白尼的著作明令取缔。

　　早在1605年，就曾有人指出了奥塞安德尔宣扬不可知论的伪撰序言的卑劣手段，这个人就是伟大的德国天文学家开普勒。开普勒本来在丹麦天文学家第谷·布刺赫手下研究天文学。布刺赫当初很崇拜哥白尼，他曾经打发人访问弗隆堡，并取回一幅哥白尼的自画像和他生前用过的一架“捕星器”。布刺赫看到这个仪器时大为惊诧，哥白尼竟是用这么简陋的仪器来考察“天体的奥妙”。他毕恭毕敬地把哥白尼的遗像供在上位，还在遗像下题词：

　　“力大无比的巨人能够搬过一座山来加到另一座山上，可是雷的劈击却能把巨人制服——比起所有这些巨人，哥白尼一个人不知要坚强多少，伟大多少，幸福多少。他把整个地球连同所有的山岳举起来迎向群星，雷的劈击却不能把他制服。”但是这个丹麦人到头来并没有接受哥白尼的学说，只是崇拜而已。跟这个丹麦人相反，他的年轻的助手开普勒，却衷心信奉哥白尼的学说。他利用自己发明的望远镜，把有关宇宙结构的科学向前推进了一步。

　　跟这个开普勒一样，意大利伟大的哲学家布鲁诺(1548～1600年)，也是哥白尼学说的信奉者和宣扬者，他也曾发现奥塞安德尔的序言是一篇伪作。他愤慨地指出：“这是一个其蠢如驴、不学无术、狂妄自大的角色，给哥白尼的著作附加一张废纸。”布鲁诺曾先后到过欧洲十几座著名的城市，宣传哥白尼的理论，借以打击神学的世界观。他去讲学的地方有信奉新教的国家，也有天主教的国家，即使被人驱逐，他也毫不在乎。但是，当布鲁诺发表著作介绍哥白尼学说的时候，教廷就采用了严厉镇压的手段。这是因为，布鲁诺写的是明白晓畅、人人都懂的意大利文，文笔优美而犀利，讽刺了那些拚命维护“地球中心学说”的神学家，并揭示了哥白尼学说的全部唯物主义的意义。布鲁诺推崇哥白尼为最伟大的天文学家。他在《哥白尼的光辉》一诗中写道：

　　你的思想没有被黑暗世纪的卑怯所玷染，你的呼声没有被愚妄之徒的叫嚣所淹没，伟大的哥白尼啊，你的丰碑似的著作在青春初显的年代震撼了我们的心灵。

　　他在《大斋节晚餐》一文中写道：“我们对哥白尼感激不尽，因为他把我们从居于统治地位的庸俗哲学中解放出来，……只有那种坚定不移地站在反宗教的潮流中的人，才能充分评价并颂扬他的精神。……他给自己找到坚实的立场，并毫不含糊地宣称：承认地球对于宇宙的运动，终究是一件不可避免的事，因为这比认定无数天体(其中许多都比地球更为光辉而庞大)把地球当作中心的说法，要合情合理得多。”

　　布鲁诺联系古代唯物主义者学说，到处宣传哥白尼的革命理论，而且在宇宙的无限性和运动的永恒性方面发展了哥白尼的学说。他在重述地球只是许多行星中的一颗这个论点时，进一步指出，被地球和其他行星绕行的太阳，只是无数恒星中的一颗，它不是宇宙的中心，宇宙是没有中心的，是无限的。后来，布鲁诺被宗教裁判所诱捕下狱，惨遭酷刑，监禁达8年之久。1600年2月17日，在罗马的百花场上，布鲁诺被教会活活烧死。

　　哥白尼绘制的宇宙图伽利略曾经写信给开普勒，信上说：

　　“我信服哥白尼的观点已经有很多年了，我根据他的观点，发现了自然界很多现象的原因。我写过许多驳斥对立论点的文章……”

　　为了让教会当局也相信这种学说，伽利略献上他的望远镜，叫他们亲自去观测天空的秘密。可是教会当局不愿意相信自己的眼睛。他们的借口是，望远镜会产生种种幻象，看到的东西都不实在。其实他们担心的是，哥白尼学说的传播会对教会产生不堪设想的后果。教皇乌尔本三世曾忧虑重重地说：“哥白尼的学说可能产生比路德教派更可恶的后果。”

　　1616年2月，宗教裁判所宣布伽利略的著作为异端邪说。3月5日，图书审查协会又宣布哥白尼的《天球运行》为禁书，禁止印行。

　　这时他染上重病，精神颓丧，就向宗教裁判官递了一份供状，上面写道：

　　“我以严重的邪教嫌疑罪被捕，这种邪教就是……太阳是宇宙的中心……而地球在动……”

　　相传当他念到最后几个字的时候，曾经在地上跺着脚，自言自语地说：

　　“可是地球的确是在动啊!”后为他被判处终身监禁。

　　17世纪中叶后，自然科学日益进展，哥白尼学说的正确性日渐巩固，内容也有了很大的发展。在这方面起决定作用的，是物理学家牛顿(1642～1727年)。他写成《自然哲学的数学原理》一书，用万有引力的原理解释了行星的运行，给地球的绕日公转提供了更有力的证明。此外，科学家们还做过很多实验，证明了地球的自转和公转。人类对宇宙的现代观念逐渐形成。在这同时，欧洲很多高等学校都公开讲授哥白尼的学说。例如在哥白尼的母校克拉科夫大学，18世纪末(1782年)担任天文学教授并讲授哥白尼学说的，就是当时波兰启蒙运动的倡导人之一扬·希涅德茨基。

　　1830年，正当欧洲的革命风暴震撼着华沙的时候，华沙斯塔锡茨广场前竖立起哥白尼的纪念像。在揭幕典礼上，波兰著名诗人尤里安·乌尔辛·涅姆柴维基致词说：“这个喜庆的日子终于来临了!哥白尼曾以半个世纪的工夫凝眸注视太阳，今天太阳终于把它仁慈的光芒倾注在他的身上……。”

　　这时候，从广场的回廊上响起民族剧院艺术家们的歌声：“欢迎啊，欢迎啊，大地的儿子!……”

　　1939年，这尊塑像曾被入侵的德国法西斯捣毁，但战后又重建起来。

　　在1953年2月19日哥白尼诞生480周年的时候，人们曾经广泛而隆重地展开过各种纪念活动。哥白尼的不朽之作《运行》的手稿，在他的母校克拉科夫大学展出。内容完整的《天体运行》第一卷，也在这时候出版了。哥白尼受到全体进步人类的爱戴和敬仰。

　　哥白尼的骨骸在一间教堂内，被发现，经过重新复原之后，在2010年5月22日重新安葬。