大学的灵魂是“兼容并包”
什么是大学?蔡元培理想的大学是他在德国观察到的大学，即拥有独立地位的、追求纯粹学问的一个思想与知识的生产、交流和传播的机构。早在100年以前，德国著名教育家洪堡就提出：“学术应该是自由的、纯粹的，是不应该包含任何功利主义思想的。”洪堡尤其反对大学教育的功能只是为了就业，他认为大学是“对各学科进行研究的机构”。蔡元培力图引进德国的教育理念，纠正中国自古以来就根深蒂固的“仕而优则学，学而优则仕”的教育模式，他就像与风车作战的堂·吉诃德，怀着单纯的理想，无私的心灵和坚贞的信念出发了。他的梦想在北大只是得到了部分的实现，但一所真正意义上的现代大学，在他捧起的双手中慢慢成形了。
大学的灵魂是“兼容并包”。蔡元培执掌北大的时代，差不多实现了“和而不同”。
蒋梦麟先生在《苦难与风流》中写道，蔡元培时代的北大“保守派、维新派和激进派，都同样有机会争一日之短长。背后拖着长辫，心里眷恋帝制的老先生与思想激进的新人物并坐讨论，同席笑谈。”
新潮社的骨干杨振声回忆说：“可能有一些学生正埋头阅读《文选》中李善那些字体极小的评注，而窗外另一些学生却在大声地朗读拜伦的诗歌。在房间的某个角落，一些学生可能会因古典桐城学派的优美散文而不住点头称道，而在另一个角落，其他几个学生则可能正讨论娜拉离家后会怎样生活。”这种不同的生活方式和思想风格在同一个地方交错重叠的现象，在北大的历史上、甚至在中国的历史上都是空前绝后的。
当然，自由是有限定的，即：“自由”是学术研究的自由。正如蔡元培先生所说：“主张学术研究自由，可是并不主张假借学术的名义，作任何违背真理的宣传，不只是不主张，而且反对。”他在极其艰难的环境下，坚持认为，教育事业应当完全交给教育家，保有独立的资格。只有教育独立出来，才能使教育方针保持一贯而不会因政权的交替而屡屡变迁，这样的教育才可能有实效，学术才可能有发展，学者才可能成为独立的“知识分子”。
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