2002年，在查办国家粮食储备库原主任蒋惠珍一案时，由于蒋惠珍之前已有所防备，查处过程相当艰难，柯建国独辟蹊径，经与蒋惠珍的同事交谈，发现蒋惠珍手下一位制票员有记流水账的习惯。这位制票员在家庭生活中，对每笔支出，无论是购物、吃饭、打麻将，也无论金额大小，均作了详细的记录。柯建国大胆推测，这个制票员对工作中的大笔支出很可能也有记载。循着这个思路，他提取了此制票员多年的工作记录本共15本，经一一查看，终于发现其中有10余笔在数个银行存款共几十万元的记录。

　　很快，柯建国就与同事查清这些存款都系蒋惠珍安排这名制票员将国家粮食盗卖得款后，以该制票员本人及其家属的名字存入银行，然后再将存单交给蒋惠珍的事实。由此，蒋惠珍精心构筑的防线被成功地撕开了口子。2003年底，蒋惠珍因贪污罪、巨额财产来源不明罪被法院终审判处有期徒刑七年。

　　崇州市汽车配件厂原系崇州市一家效益比较好的二轻集体企业，1999年底改制卖给时任崇州市二轻局党委副书记兼该厂厂长的徐贵忠，并更名为崇州汽车配件厂(下称“崇州汽配厂”)。2003年底，四川省多名人大代表联名就崇州汽配厂在改制过程中存在隐瞒、侵吞集体财产的问题向四川省检察院反映，四川省检察院对此案发出案件督办函。2004年初，崇州市检察院检察长亲自点将，责成柯建国带领两名侦查员组成办案组具体负责查办此案。

　　受命后，柯建国带领办案组花了一个月的时间，核查了崇州汽配厂有关审计、资产评估等相关财务资料，最终将与其往来金额较大的四川宜宾车辆厂作为外调重点。但当柯建国带领侦查员到达宜宾时，发现四川宜宾车辆厂已倒闭，他们费尽周折找到相关人员，并在一间杂屋内翻到了部分财务资料。后来，在宜宾市检察院的协助下，他们将相关书证收集在案，同时将分散于各地的相关证人证言收集完毕，掌握了徐贵忠涉嫌贪污的基本事实。接下来，柯建国及办案组成员又多次走访了崇州汽配厂的职工和徐贵忠的邻居，了解到徐已潜逃外地。在设伏守候多次后，他们将徐贵忠抓获，并追回全部赃款。

　　2005年，徐贵忠案被提起公诉。由于案件涉及较多财务方面的专业问题，主诉检察官专门向柯建国进行咨询。没想到，柯建国竟专程到成都的大书店和各大学的图书馆查阅资料，撰写了4000多字的翔实说明，提供给主诉检察官。案件开庭审理时，辩护律师以崇州汽配厂改制不规范、隐瞒的财产属不当得利为由，为徐贵忠作无罪辩护。面对辩护方咄咄逼人的气势，公诉人针锋相对逐项“回应”。2005年10月，徐贵忠被法院以贪污罪判处有期徒刑十一年，并处没收财产5万元、剥夺政治权利二年。