1993年，和妻子分居多年的他和领导谈话，想调回上海，不料，新去的省委书记认为他是个人才，不仅调不成，还把他官升一级，派为新成立的洋浦开发区管理局局长兼书记。那一年，他46岁，年富力强。“不谈话，或许也就不会考虑到我了。”江上舟说，人的命运有时候就是被偶然的细节所决定。

　　当时的洋浦石头多、荒地多、仙人掌多，树少、水少、人少，而且，刚刚经历了“国耻风波”(1989年1月，五名全国政协委员到洋浦考察，认为洋浦开发租地70年给外商“丧权辱国”。)、邓小平批示(1989年4月28日，邓小平平息了这场争论，他在海南的报告上作出了改变洋浦命运的批示：“我最近了解情况后，认为海南省委的决策是正确的。机会难得，不宜拖延，

　　江上舟但须向党外不同意者说清楚，手续要迅速周全。”)，正是国人瞩目的焦点、改革的最前线。在这种情景下，江上舟出任了这个号称“特区中的特区”的行政首脑，领着手下66个兵，一切从头开始。当时，经海南省人大授权，洋浦行使地市级政府权力，设立的审判机关，被授予除死刑外的终审权。不仅如此，洋浦还是世界上独一无二的集经济特区、开发区、保税区和城区于一体的地方，区内实行隔离式管理，可以享受关税豁免。

　　江上舟的执政思路是“积极的不干预”政策，尽量压缩政府职能规模，给市场配置资源留下足够大的空间。后来，有人把他搞的这套行政制度改革称为“洋浦改革”。他活学活用在瑞士所见的“主办制”和“AB制”：比如人事局负责的工作有组织人事、党建、计生等好几项。没有下属，直接向局长负责;“AB制”是，科室中的两个业务相近的主办岗位，被指定为AB搭配，每人在一项业务中为主、另一项业务中为辅，相互配合，同时互相监督。不止于此，江上舟还开始“公务员招考”，从全国范围内选拔英才，麾下一度聚集了8位博士几十名硕士，其他的如公共财政、无纸化办公等，都开了风气之先。

　　江上舟和他的同事们在洋浦构建起的这套行政体制，让中央有关部门和专家赞不绝口。1995年，时任中编办常务副主任的顾家麒到海南考察时，准备听半个小时的汇报，后来听入了迷，“从2点半谈到了6点半”。可这先进的理念落到传统体制的汪洋大海里，带来的只有碰撞——基础设施建设带来的拆迁安置，引发了当地人的一些不满;“特区中的特区”的招商引资，对海南其他地级市也是个冲击。而且，江上舟说那时他的眼睛只向下——定为海南省委常委候选人的时候，他都没有时间去和同级别的市领导去沟通，他的精力都放在了百业待兴的洋浦——毫无疑问，他落选了。

　　江上舟1997年，在为洋浦引来投资100多亿元、亚洲最大的化肥厂项目后，他有些黯然地离开海南。没想到，1998年，已经签订协议的这个化肥厂项目又花落了别家，心系海南的他尽管已不在海南工作，还是立即给当时的总理朱镕基写信，直谈了个人看法，认为洋浦天然地适宜做工业基地。