作为一名学者，吴绍骙对各种学术见解始终采取兼容并蓄，择善而从的科学态度。1949年春天，他阅读了李森科所著杜布赞斯基译成英文的《遗传及其变异》一书后，便与王鸣岐合作将之翻译出版。他在译者序中阐明重译此书是鉴于：“新旧两学派之争，在苏联正如火如茶，且将蔓延而及于全世界。……在我国国内，仅仰赖于报章杂志片段之介绍，未足以窥其梗概，不无遗憾”。对两学派之争执，译者认为：“我辈应保持科学态度，择善以从，初不必立门户之见，以自行闭塞其智慧之门……。”同时申明：“译者稍涉猎于遗传科学，对李森科院士所持之说，以所知甚少，不敢贸然赞同。此文之转译，仅为介绍遗传学中另一学派之见解而已。见仁见智，有待于读者之抉择也。”然而，他万万没有料到，作为国内最早把李森科学说介绍到我国的学者之一，竟被“立门户之见”者扣上“坚持反动的、唯心的遗传学说的顽固分子”、“资产阶级用来欺骗工农大众的工具”等帽子。从此，他被迫中断遗传学的讲授，研究助手也相继星散。在这种异常的情况下，他依然没有放弃自己的学术见解，没有忘记为之奋斗的育种事业。他冒着风险与苏联专家就玉米自交系间杂交种问题进行了激烈的争论。那位专家以质问的口吻问他为什么非搞自交系不可，吴绍骙立即反问：“自交系间杂交种显然比品种间杂交种增产，我们为什么要放弃不搞？现在我国尚未推广自交系间杂交种，我无例可以奉告。但中国老百姓在养蚕业上早就采用的改良种（相当于玉米单交种）比原有种增产、优质是确实无疑的”。说得这位专家无言以对。1952年在武汉召开的一次学术讨论会上，主持人说：“纯系学说可以休矣”。吴绍骙在后来的发言中提到自交系并非一般的纯系，将大有用途。听众为之愕然，更为他担心，但他处之泰然。　　

    40多年来，吴绍骙坚持真理，维护科学。在一度几乎完全中断研究工作的困难条件下，仍然思考着如何为农民选育良种，如何加速我国玉米杂交种的选育进程。1956年在党的“双百”方针鼓舞下，吴绍骙利用与来华访问的苏联玉米专家肖洛可娃和茹可夫座谈的机会，把酝酿了多年而未能付诸实现的异地培育方法正式提了出来，征求他们的看法，并立即组织力量，开展研究，终于获得了成功。　　

    党和政府十分重视吴绍骙对我国玉米育种事业做出的重大贡献。1962年春天，他应邀列席了全国政协会议，并十分荣幸地被邀请到中南海怀仁堂，与毛泽东主席、周恩来总理同桌进餐。毛主席坐在周总理的对面，吴绍骙坐在周总理的右侧。总理亲切地问了他的姓名、职业，并立即把吴绍骙的回答转告毛主席。总理含笑握着他的手说：“大办农业，多为祖国培育良种！”这对一个在旧社会没有找到报国之门的科学家来说，该是多大的褒奖和激励啊！　　

    但好景不长，史无前例的文化大革命又使他离开了自己所从事的事业，1969年他来到商丘县五里杨乡三刘庄村接受“再教育”，住在光线不足、四处透风的小磨房里，可心里仍然想着那绿色的事业，耳边响着周总理的叮嘱。他让随同下放的教师引进玉米杂交种在当地试种，并亲自向群众传授玉米制种技术，举办业余农校，培训农业技术人员。由于他和教师们的辛勤工作，以后五里杨成了商丘地区的玉米高产典型乡。　　　　

    青山遮不住，毕竟东流去。在河南省委主要领导人的多次过问下，吴绍骙终于在1971年恢复了工作——这是他一生事业的第二个春天，然而他已年近古稀。