黄瑞纶考虑到我国农药工业基础薄弱，加工和应用技术无人研究，而新兴的农药厂、研究单位、高等院校亟需农药专业人员，为国家培养农药专门人材是他的最大心愿。北京农业大学成立后，报考农业化学系的学生人数不断增加。为了明确对这些学生的培养方向，1952年经农业部和教育部批准，成立了我国第一个农药专业。黄瑞纶亲临教学第一线，认真备课，并编写《杀虫药剂学》，于1956年出版。这本书是我国农药科学领域第一部较有影响的专著，不仅给农药专业的教学提供了基本教材，而且对科研也起了很大的推动作用。正如他在该书“序”中所写：“我在解放以后就想写一本关于杀虫剂的书，但是始终不敢下笔，两年以来，因为教学上的需要，我国杀虫药剂事业的迅速发展和朋友们对我的鼓励，大大地增加了我的勇气，整理了手边的材料，写成了这本书”。在这部专著中，他介绍了国内外大量文献资料，尤其是1956年以前用于防治植物、家畜及卫生害虫的药剂和辅助剂，对其生产、加工过程、使用方法、理化性质以及毒理等都有详尽的论述，并对我国农药资源和开发成就作了扼要介绍。随着我国农药科学研究和农药生产的不断发展，他随时阅览和收集国内外有关资料，即使在处境极为困难的“文化大革命”后期也从未中断。他不止一次地谈到准备重写一本新的《农用药剂学》计划，但终因患重病，未及实现，就与世长辞了。此外，1959年，他还与赵善欢、方中达合著《植物化学保护》一书。这是我国第一部关于植物化学保护方面具有权威性的教材。

    在黄瑞纶领导下，农药专业的教师开设了生物试验法、农药分析、农药合成及植物化学保护等专业课程。在教学中，他重视教学、物理和化学等基础课程，认为学生必须扎实地学好基础课程，才能适应各种工作的需要，才能有“后劲”。他也重视实践教学，经常亲自亲排学生到农村或工厂去实习，特别注意学生基本操作的训练，经常去实验室亲自示范，所以学生一般都具有较强的动手能力和解决实际问题的能力。他强调洋为中用，处理问题从实际出发，当时全国各大学都学习俄语，但他认为英文的文献资料多，实用性强，安排农药专业的学生学习英语，还定期辅导青年教师查阅英文资料。

    1956年，农药专业曾被认为培养目标不明确而停办，但黄瑞纶始终确信这个专业是需要的，多次为之奔走呼吁。1959年恢复农药专业，但在“文化大革命”中又中断，直到1980年农药专业恢复招生，不久成立了农药研究室，1989年发展为农业应用化学研究所。