陈独秀第一次违背自己的意愿，屈服于共产国际的“旨意”，是在1922年，迫于共产国际纪律，他同意中共党员以个人身份加入国民党，以这种方式实现国共合作。陈独秀历来主张国共合作，但他坚决反对马林提出的中共党员加入国民党的建议，他说这样“会引起许多复杂而不易解决的问题，其结果将有害于革命势力的团结”。可惜陈独秀是一位当家作不了主的总书记。1991年苏联解体后，原苏共中央档案解密，从1923年到1927年的5年中，苏共中央政治局为讨论中国革命问题开过122次会，作出过738个决议，平均两天半一个。连蒋介石执掌国民党大权以后，什么时候派什么人去找蒋介石谈话，谈话要注意什么等细节，都有明确指示。
　　
　　　　陈独秀四次提出让共产党人退出国民党，都没能成功——不仅是共产国际反对，党内也鲜有人支持他。蒋介石发动“四·一二”政变后，陈独秀在政治局会议上建议退出国民党，当时只有两个人有反应，任弼时说：“是的呀。”周恩来说：“退出国民党后，工农运动是方便得多，可是军事运动大受损失了。”其余的人默不作声。陈独秀同共产国际代表鲍罗廷单独谈这个问题，鲍罗廷回答说：“你这个意见，我很赞成，但我知道莫斯科必不容许。”
　　
　　　　莫斯科不容许陈独秀反抗，是因为当时斯大林认为蒋介石是中国革命的中心，他认为“离开国民党就是离开革命” 。杨尚昆1926年到苏联，进入为中国革命培养干部的莫斯科中山大学学习，他在文章中回忆：“就在‘四·一二’反革命政变前一个星期，即4月5日，斯大林说：‘没有必要驱除国民党右派，蒋介石是服从纪律的。’……斯大林没有作一点自我批评。共产国际在中国的代表当然要马上风风火火地行动起来，制造一件中共省委反对中央总书记的事实，好审判陈独秀这个替罪羊了。”
　　
　　　　1927年8月4日，共产国际两名代表从武汉到长沙，找时任湖南省委书记的易礼容等人开了一晚上会，中心议题是要湖南省委签字打倒陈独秀。易礼容等人想不通，认为陈独秀没有叛变，又没有退缩，大革命的失败，很难说是陈独秀一人的罪过，于是拒绝了这一非分要求。苏联人回到武汉，在8月7日“八七会议”上说湖南省委是“代表地主阶级”的，撤消易礼容的职务。陈独秀当时也在武汉，但共产国际不许他参加会议，“八七会议”对陈进行了缺席审判，撤销了他的总书记职务。
　　
　　　　被解职之后，憋不住的陈独秀始终坚持给中央写信提建议。次子陈乔年时任中共江苏省委组织部长，他虽认同父亲的部分观点，但他劝陈独秀不要写信了，因为中央里有人拿他的信“当做笑话到处宣传”。陈听了之后便不再写信。
　　
　　　　陈独秀的长子陈延年已于当年7月就义，他是站着被国民党刽子手乱刀砍死的，陈独秀刚刚为革命失去爱子，却被批判为“右倾机会主义”，他的郁愤可想而知。不久之后，陈乔年也被捕遇害。1928年春，鉴于陈独秀的影响力，共产国际邀请他赴苏联参加中共六大，陈独秀断然拒绝，他说自己没有“万方有罪在予一身”的雅量。