正当马明方同志大展“济民”之志的时候，1966年5月，那场“史无前例”的灾难降临中国大地。运动之初，出于对毛泽东主席的信赖，尽管他在思想上不理解，但还是积极宣传和执行了中央的决定。在行动上，他按照《十六条》决定精神，主张文斗，反对武斗，充分肯定干部的主流，努力控制和把握运动的方向。1967年10月6日，在林彪、江青一伙的授意下，《辽宁日报》在头版头条发表了“打倒马明方”的社论，并在二三版发表了题为《马明方的反革命真面目》的长篇文章，极尽造谣诬蔑之能事，攻击马明方同志“是一个卑鄙无耻罪行累累的大叛徒”，“是牛鬼蛇神在党内的代理人”，“是疯狂镇压无产阶级文化大革命的刽子手”，“是一个彻头彻尾的反革命修正主义分子，”“是党内最大一小撮走资本主义道路当权派篡党、篡政、篡军的一员干将”，“是东北地区党内走资本主义道路当权派的一个大头目”；“是党和人民的死敌”，“是个十足的死心踏地的老牌反党分子”，“是埋在党内的一颗定时炸弹”，“是全辽宁人民不共戴天的死敌，是全东北人民不共戴天的死敌，是全中国人民不共戴天的死敌！”就这样，马明方同志被打例了。随即，马明方被送往北京卫戍区秘密关押。在被康生直接领导的以吴法宪为组长的专案组关押审查期间，马明方同志历经百般折磨。但他主义不改，信仰不变。在狱中，他用烟盒纸、书报边写下了万余言的给周总理的报告材料（尽管无法送到总理手中），说明自己的历史，汇报自己的思想，以及对运动的看法、对革命事业的担忧。到1973年，他身患重病，被送进首都工农兵医院。但终因长期受折磨迫害身心交瘁，在医院又得不到应有的治疗，于1974年8月13日含冤饮恨而去。

    历史终归是历史，不是由任何人可以篡改的。1975年7月31日，中共中央根据毛泽东、周恩来的指示发出通知，为所谓的“新疆马明方集团案”彻底平反昭雪。党的十一届三中全会之后，中共中央于1979年12月29日为马明方同志举行了隆重的追悼大会。姚依林同志在悼词中充分肯定并高度评价了马明方同志光辉战斗的革命一生，指出：“在50多年长期革命斗争中，马明方同志为中国人民的解放事业、社会主义革命和社会主义建设事业做出了重大的贡献。”

    山河为证，历史可鉴。我们的党、我们的祖国、我们的人民，永远不会忘记他。