马明方跟随史可轩一行离校后，由于当时西安还处于刘镇华的围困之中，他们便先到三原住了月余。11月底西安解围后，他们才进入西安。于右任先生领导下的国民军联军驻陕总司令部于12月在西安成立，于右任为总司令，邓宝珊为副总司令，史可轩任政治保卫部部长兼卫队师师长。在总部任职的有许多共产党员，这个总部实际上是共产党领导下的统一战线性质的政权组织，有力地推动了陕西革命局面的发展。马明方和同去的邓重庆、武丕漠分别担任史可轩领导下的卫队师直属的三个营的政治指导员，马明方还兼二营的支部书记职务。他们在军队中进行了有力的思想政治工作和群众工作，对提高部队的政治素质起了积极的作用，从而使这支武装成为陕西革命运动中有力的武装支柱。这支部队后来参加了著名的“渭华暴动”。

    马明方在史可轩部工作期间，中国革命发生了剧烈的动荡和变化。1927年，正当全国革命形势蓬勃发展之际，蒋介石悍然发动了“四·一二”反革命政变。在这种形势下，陕西党组织在积极发动群众向以蒋介石为首的反动势力进行声讨的同时，又积极协助冯玉祥率部东征，与武汉的国民革命军继续北伐，会师中原。在这一过程中，马明方和在国民军联军所属各军、各部的其他共产党员一道，在各军中积极开展思想政治工作和群众工作，有力地推动了东征的胜利。正在这时，张作霖又制造了“四·二八惨案”，绞死李大钊等 20余名共产党人。噩耗传来，马明方又积极参加了陕西党组织领导的揭露帝国主义和反动军阀的斗争。6月蒋（介石）冯（玉祥）徐州会议后，冯玉祥也在国民军联军中开始了“清党”活动。马明方从此被迫离开“联军”。9月间，受中共陕西省委派遣，到陕北清涧谢子长所在部队去工作。中途得知谢子长部队参加清涧起义在宜川失败，于是，便回到了绥德。

    当时，在蒋汪背叛革命，全国革命形势急转直下的情况下，陕北军阀井岳秀也发动了清党运动。1927年8月4日，井部团长刘润民率部封闭了“四师”这个陕北革命活动的中心，党的活动遂转向农村。所以，马明方到绥德后，历尽艰辛，与党组织取得联系后，便到横山响水堡以小学教员的身份作掩护，出任中共横山区委书记，着手恢复和整顿党的组织。

    1928年4月，中共陕北特委成立。马明方同志先后担任中共绥德县委委员、北区区委书记、巡视员，中共镇川区委书记，中共陕北特委委员，中共米脂、佳县和镇川两县一镇中心县委书记等职，积极在农村发展党的组织，发动农民斗争，并参与了建立和发展革命武装的工作，为开辟陕北革命根据地做出了重要的贡献。到1935年1月，成立了陕北省苏维埃政府，马明方同志当选为陕北省苏维埃政府主席。陕北省苏维埃政府在中共陕北省委和马明方同志的领导下，开展了根据地建设的各项工作。各级苏维埃政府发动群众，积极参军参战，支援前线，打土豪，分田地，发展生产，兴办教育，陕北形势为之一新。陕北这块红色的土地，自然地成为中央红军长征最理想的落脚点。中央红军长征到达陕北后，在马明方同志亲自主持下，统一了地方财政，保障了中央机关和红军的供应。红军东征和西征时，在马明方同志的号召和各级党委的领导下，陕北各级苏维埃政府动员了大量的人力物力和财力，全力支援革命战争。与此同时，广泛开展游击战争，巩固和扩大革命根据地，并积极开展争取东北军和西北军联合抗日的工作。鉴于他良好的政治思想素质和卓越的组织领导才能，1936年9月，因中共陕北省委书记郭洪涛同志调任中共中央组织部副部长，马明方同志被中央任命为中共陕北省委书记。1937年2月，撤销中共陕北省委，设立中共陕甘宁边区委员会，马明方同志任委员。同年9月，陕甘宁边区政府成立，马明方同志任边区政府委员兼民政厅厅长。后因积劳成疾，于1938年8月经中央批准去苏联治病。

    1941年1月，马明方和张子意、方志纯等20余人从苏联回国，途经新疆，暂住新疆八路军办事处。其间曾任办事处支部书记。1942年9月17日，马明方同志和在新疆的陈潭秋、毛泽民、林基路、张子意、方志纯等160余人被盛世才软禁。在被软禁期间，马明方同志积极参与了此前为防事变而组成的总学习委员会的领导工作，通过各种方式组织被软禁人员坚持有领导、有组织的整风学习，进行革命气节教育，坚定大家的斗志。1943年2月到4月，马明方等同志先后被盛世才投进监狱。在狱中，在敌人的严刑拷打和威胁利诱面前，他们始终保持了高度的革命气节，坚贞不屈，先后多次发起并组织领导了以“百子一条心”、“集体回延安”为战斗口号的大规模的反普遍审讯斗争和绝食斗争，揭露了敌人诬陷我党和八路军、新四军“破坏统一”、“挑动内战”的阴谋。1946年7月11日在我党的营救下，马明方等129名被盛世才关押的同志终于回到了到延安。

    马明方同志从新疆返回延安后，先后担任中共中央西北局副书记、中共晋南工委书记。1949年底，被党中央任命为中共西北局第三书记兼陕西省委书记。1950年1月到1954年6月，又被中央人民政府任命为陕西省人民政府主席。此间，在党中央和中央人民政府的领导下，他带领陕西人民进行土地改革、剿匪肃特、发展生产，迅速地稳定了陕西的社会秩序，医治了战争的创伤。特别是他注重发展农业，重视科技进步，强调加强农村商品生产的思想和措施，具有远见卓识。

    1954年6月，马明方同志调任中共中央任组织部副部长、中共中央副秘书长，协助邓小平同志工作。1955年底，马明方同志出任新成立的中共中央财政贸易工作部部长。他根据中央为财贸部所规定的“管理财贸部门的干部工作，检查党的决议和政策在财贸部门的执行情况，管理财贸部门党的基层组织工作，指导财贸部门政治机关的工作”等四项任务，提出财贸部的干部要深人基层，熟悉情况，钻研经济工作，积累经验，加强理论和政策的学习，争取两三年内打好工作基础的要求。经过五年的踏实工作，培养了大批优秀的财贸干部，有效地推动了全国财贸工作的发展。即使在“大跃进”和“人民公社化”而引起社会经济大变动的情况下，财贸部在组织协调生产、安排人民生活等方面，也取得了显著的成绩。

    1960年9月，我党成立了中央东北局。马明方同志任第三书记。马明方同志除专管财贸工作外，还协助东北局第一书记宋任穷同志料理东北局的全面工作。

    东北地区由于其地理条件和历史原因，加上建国后的大规模建设，成为我国重要的重工业基地和商品粮基地。到1957年，各项建设项目均超计划完成，经济繁荣，人民生活得到了很大的改善。但是，和全国一样，“大跃进”对社会生产力的破坏，使得东北地区的国民经济比例关系也出现严重失调，农业生产大幅度下降，城市人口剧增，供需矛盾突出，人民群众生活水平明显下降。面对这种局面，东北局根据中共中央八届九中全会提出的“调整、巩固、充实、提高”的八字方针，在马明方同志的主持下，大力加强农业这个基础的同时，适度压缩重工业，发展轻工业，果断地关、停、并、转了1100多个工业企业，精简城镇人员350多万。采取了一系列有效措施后，很快地扭转了局面。到1965年，各项主要经济指标均接近“大跃进”前的1957年的水平，使国民经济走上了均衡发展的轨道。不仅使东北人民的生活得到改善，而且对陕西及全国其他灾区人民予以大力支援。