1937年7月，日本侵略军向卢沟桥发动进攻，国内形势发生急剧变化。国内反抗日本侵略战争的消息传来，震撼了蔡继琨手中的指挥棒。时在国际乐坛上已有极高声誉的蔡继琨，在民族危亡之际，毅然放弃日本优越的生活和学习环境，怀抱着拳拳的爱国之心回到祖国，积极投身到抗日救亡运动中。从纯艺术的音乐殿堂到回国加入如火如荼的抗日行列，蔡继琨坚信，如果以音乐的独特的力量来参与唤醒民众、振奋民族精神，坚定抗日意志，将使全社会的抗战情绪奋发激昂，而这场全民族抗战最后胜利的基础，其中就会有一部分是建立在“五线谱”上。从此，蔡继琨开始了音乐人生的一个重要转折，此后60几年，他驰骋乐坛，闻名遐迩，为我国的交响乐和音乐教育事业的发展，立下了不朽功勋。

 　　20世纪30年代，国内音乐教育事业荒芜不举，人才匮乏。回到祖国后，蔡继琨充分发挥自己的艺术才华，将音乐事业与抗战大局紧密结合在一起，先后创办了福建省音乐师资培训班、福建省会音乐教育研究会、福建省政府教育厅战地歌咏团、福建省南洋侨胞慰问团等，奔走在抗敌阵线，组织抗日群众，开展文艺宣传，培养音乐人才，取得积极成效。在此期间，为激发广大人民的爱国热情，推动民族抗日事业的发展，他还亲自谱曲，为我国抗战事业和音乐教育事业贡献出宝贵的青春。

 　　1945年8月，中华民族取得抗日战争的最后胜利。蔡继琨应台湾行政长官陈仪的邀请，赴台参加抗战胜利后在台日军投降的接收工作并负责拓展台湾现代音乐事业。当时台湾没有一个专业的交响乐团，也没有一所专业的音乐专门院校。在友人安排下，蔡继琨四处拜访在台音乐名家，广结人缘，筹建了台湾省警备司令部交响乐团（现“国立台湾交响乐团”）并亲任团长兼指挥。由于乐团经常到台湾省各地巡回演出，在台北市中山纪念堂每月定期举办演奏会，在台北市新公园举行露天音乐会，吸引台湾民众踊跃观赏，赢得各界人士的同声赞许，蔡继琨也被称为“台湾交响乐”之父。 蔡继琨始终不渝地拥护祖国的统一大业，坚决反对台独，对台独分子的言行万分痛恨。

 　　1949年秋，蔡继琨应菲律宾马尼拉中央大学音乐学院之聘担任教授及马尼拉演奏交响乐团之聘担任指挥。时蔡继琨在国际乐坛已享有极高声誉，所指挥的交响乐曲演出已达到国际一流水平，因此在菲律宾备受推崇，常代表菲律宾出席欧美各地国际音乐会议及演奏旅行。