自1983年重返故土，与祖国阔别三十多年的蔡继琨教授开始在全国讲学，同时在各地指挥演出，他先后被厦门大学、华侨大学、福建师范大学、安徽师范大学、吉林艺术学院聘为名誉客座教授，被长春电影制片厂管弦乐团、福建省歌舞剧院聘为名誉音乐指导及乐团首席客座指挥。蔡继琨教授深受陈嘉庚先生爱国精神的教育，蔡继琨教授对国内音乐界的状况就深表关注。他敏锐地观察到，国内音乐教育事业仍然十分薄弱，除一些高校设有以培养音乐师资力量为主的音乐系外，还没有一所正规的音乐大学，他感到了一种沉重的责任，萌生了创办音乐大学的想法。他认为，在当时国家队教育再投入存在着一定困难的情况下，充分调动国内外社会力量办学，以成人教育的形式为切入点，发展高等的音乐院校，达到培养各种不同层次的音乐专业人才的目的，是一种切实可行的办法。由此，他秉承着发展社会音乐教育事业，进一步加强培养音乐人才的理想，深有远见地实践一条创办福建省高等音乐学府的艰辛的创业之路。

 　　此前，蔡继琨已创办过两所音乐院校，即福建省立音乐专科学校、中华音乐教育学院。福建省立专科学校成立于1940年2月，时蔡继琨应福建省政府主席陈仪将军之命，在当时的福建省会永安，筹建这所学校，担任首任校长，后更名为国立音乐专科学校，为抗战时期国统区三所高等音乐学府之一，为国家培养了大量音乐人才，解放后，学校合并到中央音乐学院华东分院，即现在的上海音乐学院。1942年，蔡继琨转赴重庆在教育部服务时，与时任教育部政务次长顾毓秀（一樵）创办了中华音乐教育学院，这是一所专门培养抗战时期音乐专业人才的高等学府，培养出来的学生成为活跃在抗日战争各条战线上的音乐精英，有的还成为世界上有影响的作曲家、歌唱家、指挥家。

 　　1988年，已经定居福州的蔡继琨立即投入到福建社会音乐学院的筹建中，经多方反复协商，最终决定福建社会音乐学院与福建师大、厦门艺术教育学院等院校联办，开展函授教学等灵活的教学方式，于1988年下半年开始招生。但此时的福建社会音乐学院毕竟还只是一种过渡形式，没有自己独立的校舍。为促成音乐学院尽快完善，他不顾年迈，东奔西跑，亲自勘察校址，后经省政府同意，最后定在了福州仓山首山村。为筹集资金，一方面，他变卖在菲律宾的别墅、车辆、名贵书画，带着十一箱的珍贵乐谱、资料和全部积蓄，回到福州；另一方面，他到美国、东南亚等地，四处游说，鼓动海外华侨捐资捐物，为祖国音乐事业贡献力量，不少海外华人在他的感召下解囊相助。

 　　1993年，福建社会音乐学院在福州仓山首山村奠基，1994年初，经过一年紧张施工，一座座造型新颖、设备齐全，雕着捐献者名字的办公楼、教学楼、综合楼、宿舍楼、琴楼等拔地而起，结束了福建近半个世纪以来没有专门音乐学院的历史。1994年，福建省政府批复同意成立福建音乐学院，蔡继琨亲自担任学院董事长、院长，并保留“福建社会音乐学院”院名。9月，学院招收了第一批学员60多名，开设了声乐（美声与民族唱法）、键盘（钢琴、手风琴）、管弦乐（含民族乐器）三个专业，由著名音乐家郎毓秀、朱雅芬、邵钟世分别担任系主任，蔡继琨还亲自担任指挥课的教学任务，成为全院年纪最大、资格最老的“全职教授”。学院采取“开门办学、关门教学”的方法，以“修德养艺、自强不息”为校训，以“爱国第一、品德第二、专业第三”为培养学生的方向，旨在为国家培养德、智、体全面发展的高级音乐人才。

 　　蔡继琨先生在耋耄之年，仍不遗余力地毁家兴学的精神引起了国家、教育部和省领导的高度关注，也获得了他们的一致肯定。2003年11月，为表彰蔡继琨先生在音乐教育和创办音乐学院方面的卓越贡献，时任福建省人民政府副省长的汪毅夫为蔡继琨先生颁发了“乐育英才”奖匾、奖状。