1948年，吴其轺在3000多名空勤人员中以第一名的身份进入美国西点军校航空分校留学，并在进修结束后到了台湾。1949年，他在台湾已经是中校军衔。他的父亲通过吴其轺的战友李晨的哥哥，香港泰丰公司的经理李念益先生悄悄捎来家书一封：
“我希望你回来！叶落归根！国民党之所以败走台湾，完全是因为腐败透顶！当年我支持你们兄弟参加抗日战争；今天，我希望你回到大陆，跟着初升的朝阳！跟着共产党！建设我们的新中国！”
吴其轺说，我当时就吓出一身的冷汗来，这封信笺如果让别人看见，我还有命吗？当时，在台湾的空军飞机只加少量的油，大约续航飞行30分钟，根本不可能飞回大陆。
吴其轺回忆说，有一天，我在西点军校的同学，美国空军少校John带领他的轰炸机分队降落台北机场。机会来了。我对John说，我想去香港玩玩。John说，来吧，我带你去。我就上了他的飞机。当时，台湾所有的机场都是戒备森严。可是，国民党军队不管美国军队的飞行员的起降检查。就这样，吴其轺先到香港，找到共产党的组织起义投诚，1949年12月又到北京，在中国人民解放军空军北京的南苑机场当教官。1950年他离开飞行，到浙江之江大学任教。在那里，他认识了他后来的妻子裘秋瑾女士。
后来他的战友说，当年吴其轺飞去香港第二天，军队通缉命令就传达下来了：“凡是看见吴其轺，格杀勿论！”——吴其轺在香港只停留六天，如果在香港多住几日的话，“海湾里出现的不明自杀浮尸”说不定就是他。
他的父亲吴銮仕，在全国刚刚解放不久，因为他和他的四哥都曾经是国民党军官，被枪毙了。
吴其轺说：“我的父亲从小教育我热爱自己的祖国，我之所以奋不顾身投入到伟大的抗日战争，也是听从他的教诲。可以，我的鲜血，是为祖国留下的。”
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