1950年的冬天，镇反运动开始了。吴其轺未能逃过此劫。三年后因政治审查不能通过，他开始了长达二十年之久的监狱生涯。监狱中的吴其轺躲过了文化大革命的一劫。如果没有监狱的高墙和电网保护，还有今天的吴其轺吗？
1974年，从监狱出来的吴其轺找不到工作，就在杭州清波针织手套厂蹬三轮车。这一蹬就是六年，一年365天没有休息日，一车装卸600斤，一天挣1元2角人民币。那时，他和妻子裘秋瑾带着两个儿子租在12平方米的小房子里，房租每月3块3毛。
因为蹬三轮车体力消耗大，他一顿饭要吃一斤以上的食物。杭州闻名的小包子，三个才一两，吴其轺父子三人起码要吃两斤，60个。他们怕一次吃60个包子吓着旁边的食客，就连着去三个饭馆吃饭。这样一来，白喝了9碗汤，别人看起来还文雅了许多。
1980年，吴其轺被恢复了政治名誉。抗日战争胜利60周年的时候，他被更多的人想起来。“在2005年9月，我参加位于湖南芷江的美国援华空军飞行纪念馆的开馆仪式后，浙江大学的党委王副书记和孙部长代表党和政府，到我家，给我颁发了中共中央、中央军委为纪念抗日战争胜利60周年的纪念章。这枚纪念章对我的人生来说，具有里程碑式的意义。她向世人宣告：我吴其轺在抗日战争中为祖国流的鲜血，——没有白流！”
现在，90高龄的吴其轺最为高兴的，是背诵2005年胡锦涛总书记在纪念抗日战争胜利60年大会上的讲话：“1937年‘七七事变’成为世界反法西斯战争在东方的爆发点，中国的全民族抗战开辟了世界第一个大规模反法西斯战场。全体中华儿女万众一心、众志成城，各党派、各民族、各阶级、各阶层、各团体同仇敌忾，共赴国难。长城内外，大江南北，到处燃起抗日的烽火。在波澜壮阔的全民族抗战中，中国国民党和中国共产党领导的抗日军队，分别担负着正面战场和敌后战场的作战任务，形成了共同抗击日本侵略者的战略态势。”
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