1949年5月27日上海解放后，杨兆龙将最高法院检察署的全部档案，移交给上海市军管会。

　　不久之后，杨兆龙举家迁回南京，受聘为中央大学(后改名南京大学)法学院教授。在南京，杨兆龙还以特邀代表身份，参加了1950年南京市首届人民代表大会，并接受金陵女大校长吴贻芳的敦请，建议政府制定土改法。此举遭致南京市领导人批评，此后杨兆龙的教学受到挑剔，被指责其在课堂上散布“六法观点”。

　　在这前后，经倪征日奥推荐，东吴法学院拟聘杨兆龙为院长。 杨兆龙与鞠华出席全国首届司法会议返回南京后，即向南大法学院提出辞呈，并于8月赴上海，担任莅任东吴法学院院长兼教授，“此后，我们共同花了不少时间研究如何进行课程改革，以便适合新中国的要求，然后报请教育行政当局批准。” 杨兆龙同时在南大兼课，讲授国际私法、刑法、刑诉法。

　　1952年暑期，东吴法学院与全国高校一样开展思想改造运动，杨兆龙被号召“交心”，杨兆龙在无事可交代的情况下，说出了一点王孝和被杀一事，所幸过关。 院系调整后，杨兆龙赋闲在家一年多。1953年秋才被调至复旦大学外语系教俄语。1955年肃反运动中，杨兆龙被怀疑为“ 国民党潜伏特务”，并成立专案组进行审查，最后作“内专对象”处理。

　　苏共二十大后，1956年杨兆龙“归队”任复旦法律系刑法教研室教授，并当选上海法学会理事，被聘为华政《法学》月刊编委。这年12月，在《华东政法学院学报》上发表了论文《法律的阶级性与继承性》。 1957年3月14日，上海市法学会召开第二次学术座谈会，专门围绕杨兆龙的《法律的阶级性与继承性》，讨论“法律的阶级性与继承性”问题，与会者有上海政法界的魏文翰、洪文澜、陈文藻、王造时、孙晓楼、叶克信，张汇文、向哲浚、王容海、何济翔、李国机、徐均、李树棠、杨兆龙等。

　　1957年四五月间，中央面向全国发出“百花齐放、百家争鸣”方针，鼓励“鸣放”。上海局书记魏文伯、中宣部长陆定一、上海市长柯庆施相继邀请杨兆龙座谈，鼓励他打消顾虑，积极向党建言，并对杨兆龙在肃反中所受的委屈表示遗憾、致歉。新闻界获悉此消息后，频频向杨兆龙约稿或提出采访。

　　1957年6月8日反右运动揭幕后，杨兆龙在“鸣放”期间发表的论文和言论，成为舆论媒体批判的焦点。 杨兆龙随即被打成“右派”。1958年2月，杨兆龙的三个子女均在反右“补课”中被错划成右派。是年4月，杨兆龙被取消教授职务及工资待遇，每月只发给生活费35元，并限其迁居，强迫劳动，以致咯血住院。1959年复旦法律系与华政合并成立上海社会科学院，杨兆龙改由该院管辖。

　　1960年那年，杨兆龙再次遭遇不测，命运陷入最低谷。陆锦璧缩编《杨兆龙先生年谱》详细讲述了其多舛遭际：

　　1960年56岁。杨兆龙被打成右派后，有关方面对他的“关注”有增无减，一个诱人以行入罪的阴谋抓紧付诸实施。特勤人员张某(原本市劳改释放人员)，先结识其同事即杨的学生饶大笏，继而通过饶接近杨，伪装对杨既同情又仰慕，以骗取信任。接着先后多次说“有朋友在广州渔船上工作，经常夹带人出境，以赚点钱”，企图引诱杨偷渡出国，以便在实施过程中，将其当场抓获，绳之以法。无奈杨告以“我若想出国，1948年早已成行，何待今日?现在绝无此意”。此计才未得逞。但此时杨并未识破张包藏的祸心，而张仍在等待时机。

　　是年夏，已被打成右派的复旦法律系学生卜宗商接到通知，发配新疆。他想到前途莫测，且将远离家中老母，不愿逆来顺受。遂求助于杨先生。杨出于同情，谈及若想出国求学，现在倒有人可以相助。卜同意后，杨便介绍卜与张见面。张一口答应，但要求支付酬金两千元。卜称家贫无力支付。张说只要写一张欠条，由杨先生签字担保即可。张私下对卜说“你可以投奔台湾国民党”。卜当场拒绝，决定改变主意，返校服从分配，并向张要求收回欠条。张拒不归还。两天后，卜被秘密逮捕，而那张欠条成了“叛国投敌”的罪证。卜在狱中接受秘密审讯，要他交代何时加入杨兆龙的特务组织以及特务活动情况。与此同时，张却谎告杨说“卜已安抵香港”。上述情况是卜出狱后与杨当面核实的。

　　继卜之后，还只在交大读了一年书的杨的次子面临与卜同样的命运——发配新疆。时因轻信张的谎言，遂产生了送次子赴香港或美国继续求学的念头，乃再次与张联系。张欣然承诺。择日让杨的次子去广州，住进指定的宾馆。行李被人取走三天后送还，显然已经过搜查，并未发现有关方面指望得到的东西。故告以目前没有机会，嘱返沪。