蔡元培执掌北大之后，贯彻“思想自由，兼容并包”的办学方针，提倡学术民主。他聘请陈独秀、李大钊、胡适、钱玄同、鲁迅、周作人等“新派”人物来校任教，使之成为新文化运动的中心和各种社会思潮的策源地，中国共产党的三位主要创始人陈独秀、李大钊、张申府都是北大教员。蔡元培在积极提倡新文化的同时，并不排斥旧学，一些站在新文化运动对立面的旧学代表人物，如主张清室复辟的辜鸿铭、鼓吹洪宪帝制的刘师培以及国学家黄侃等，也同时在北大执教。
　　
　　 据北京大学1918年初的统计，全校教员217人中有90位教授，平均年龄仅30余岁。对其中76人的统计显示：50岁以上6人，35岁以下43人。当时陈独秀39岁，梁漱溟24岁，徐家璜25岁，朱家骅26岁，李大钊、刘文典、胡适28岁，这在当今的大学中是无法想象的。当时北大本科学生平均年龄为24岁，师生年龄段的接近，给校园带来了清新活跃的学风，其中傅斯年、罗家伦、顾颉刚、冯友兰等，后皆成为一代学术宗师。
　　
　　 蔡元培认为：“我素信学术上的派别，是相对的，不是绝对的；所以每一种学科的教员，即使主张不同，若都是‘言之成理、持之有故’的，就让他们并存，令学生有自由选择的余地。”他在主张“兼容并包”的同时，仍坚持自己的新文化理念：“我素来不赞成董仲舒罢黜百家独尊孔氏的主张”，“到北大后，凡是主张文学革命的人，没有不同时主张思想自由的；因而为外间守旧者所反对。”
　　
　　 守旧派代表人物林纾曾发表致蔡元培的公开信，对北大的办学方针提出挑战，攻击新式教育“尽反常轨，侈为不经之谈”，“覆孔、孟，铲伦常为快”，认为提倡白话文“尽废古书，行用土语为文字……则凡京津之稗贩，均可用为教授矣”；他还告诫蔡元培说：“大学为全国师表，五常之所系属”，“今全国父老以子弟托公，愿公留意，以守常为是”。
　　
　　 蔡元培立即发表公开信回击，他要求林纾提出证据，北京大学教员在校内校外，何时何地发表过“覆孔、孟，铲伦常”的言论？他举证指出，北大教员中研究孔孟乃至尊孔的大有人在，至于教员在《新青年》杂志中，“偶有对于孔子学说之批评，然亦对于孔教会等托孔子学说以攻击新学说者而发，初非直接与孔于为敌也”。“白话与文言，形式不同而已，内容一也”；蔡元培还以子之矛攻子之盾，指出严复翻译西方学术著作，林纾翻译外国小说，都是由白话译成文言，“公能谓公及严君之所译，高出于原本乎？”林翻译过的《茶花女》、《迦茵小传》等言情小说，同样有悖封建伦理。
　　
　　 蔡元培在这封公开信中，重申了自己的办学原则：
　　
　　 （一）对于学说，仿世界各大学通例，循“思想自由”原则，取兼容并包主义，与公所提出之“圆通广大”四宇，颇不相背也。无论为何种学派，苟其言之成理，持之有故，尚不达自然淘汰之运命者，虽彼此相反，而悉听其自由发展。
　　
　　 （二）对于教员，以学诣为主。在校讲授，以无背于第一种之主张为界限。其在校外之言动，悉听自由，本校从不过问，亦不能代负责任。