关于蔡元培的晚年，评论界存在着模糊分歧的说法，其间自然夹杂不同的价值判断，由于直接的深层资料相对缺失，因而不免见仁见智。比较流行的一种看法是蔡氏“晚节不保”：相对于五四时期的“先锋形象”，1927年以后蔡元培先后参与“清党”、提议取消青年运动、推行国民党“党化教育”、政治上起伏摇摆为人利用等等，从引领时代风潮的精神领袖蜕变为国民党政权的“政治附庸”。此类说法，始自上世纪二十年代末，近年学术界也时有所见，可谓由来已久。此一观察，未可完全以党派立场视之，有些自由超然的民间人士也作如是观。在人们的历史记忆里，五四时期那位激荡起时代风潮的学界领袖与国民党“清党分共”之后的党政新贵杂厕其间的党国元老之间实在不可同日而语，以致为了维护其早期“开明形象”而有意遮蔽和淡化其晚年从政史事。实则早在1926年，蔡元培回国后迟迟不肯返回北大转而策应南方军事北伐的抉择，已经开始了角色转换：“亦学亦政”之人在社会政治变动面前适时地将重心移向“政”的一端，纵使学界人士力求维持其“学”之本位，竟也无可奈何。南京国民政府建立前后，蔡元培的政治热情一度高涨，除大学院、中央研究院公务外，许多重大政治决策亦与闻其间，虽未必权力核心人物，然其地位之尊崇则无可置疑。1933年春，周作人在私函中评论道：“观蔡公近数年‘言行’，深感到所谓晚节之不易保守。”〔1〕后来的蔡“晚节不保”一说，则更多地被赋予了政治评判色彩。

　　关于1930年前后蔡元培在南京国民政府内的活动，当时的报刊曾有所评论，反映了某种观察视角，虽在某些具体事实上有欠准确，却也透出明显的倾向性。其中，香港《平民日报》1934年1月10日至11日连载的《辽海梦回室笔记选录》第四、五两则评述“蒋中正与四老之离合”一节颇具代表性。所谓四老，是指国民党内的吴稚晖、蔡元培、张静江和李石曾。蔡元培生前收藏了这篇文字的剪报资料，并作了批语。上世纪七十年代末，高平叔先生编撰《蔡元培年谱》时，将这一资料编入谱内，藉以扩大读者的观察视野，了解蔡氏本人的态度。鉴于高谱于今已比较难于获读，而有的征引者往往各取所需而难见全璧，姑且在此存录此段文字，以供有兴趣的读者参考：

　　蔡元培与蒋本无渊源。清党时以监委资格署名劾共党分子，始由吴稚晖介绍找蒋长谈。蔡任北大校长，号称领袖群伦，兼收并蓄，一手造成新文化运动，又为国学家所推重。不特海内共许为一等名流，且侪于世界名流之列。因其与共党领袖陈独秀、李大钊等称为至交，故吴稚晖乃思利用其地位名望以压倒共党，故必要其共同行动。蔡一方面徇吴与李石曾等之情，一方又欲予共党以缓冲，乃列名弹劾书中，而请暂予共党分子以看管，固不许拥有兵权者之随意加以诛戮囚辱也。其后杨虎奉草头命在沪大杀青年，蔡尝激烈与争，诚不愧书生本色矣。

　　蒋东游归国，必欲复总司令职，吴稚晖又说蔡助蒋。蔡为人谨愿和易，于蒋复职不为积极援助，亦不破坏，蒋颇恨之。蒋利用左派之捧场而复职，又利用四老以制左派。实则蔡本不为蒋利用，绝无助蒋之言论行动。而说者乃并四老为一谈，亦可谓受吴稚晖之赐矣。

　　中原大战爆发，蔡又为和平运动，欲促蒋下野，而捧张人杰登场。蔡用意盖兼为蒋计，欲蒋保其令名，与促孙(即孙中山，此似指1922年蔡电劝孙结束护法一事——引者注)下野同怀诚意。不料蒋绝不谅解，对蔡深恶痛绝。蔡受蒋忌自此起。

　　二十年冬，蒋受粤迫胁下野，阴遣陈果夫率中央政校、军校生在捣乱。蔡受各方推重，有出任艰巨意，时有传其自为主席者。若能实现，则蔡虽居傀儡之地位，亦必能稍伸正义而抑邪谋，胜于徒供玩弄者万倍矣。乃忽于代表中党部接见学生时，与陈铭枢同时被殴击至伤。此等行凶学生皆佩带中央政校、军校证章者。蔡虽书生，而历世故深，即知难而退，卷被出都门矣。危邦不入，乱邦不居，蔡其明哲保身之君子欤。

　　蔡对青年极爱护，虽属共党分子，亦欲曲为保全。谓此等皆由社会上之优秀分子，不可使社会受莫大之损失云。近年与第三党往来甚密，有传第三党欲捧为党魁者。但蔡原为一书生，为一好好先生，非斗争人物，非革命人物，此说之无稽可知。蒋杀邓演达，而对蔡则只轻予惩戒，盖亦审知蔡之为人矣。然蔡与宋庆龄组织民权保障大同盟，对蒋阴谋及独裁颇不利;于蒋之诛锄异己青年，尤直接反对。故蒋特使人杀其重要人物杨铨以示警，又使人以炸弹及恐吓函送蔡寓。蔡乃迁居沪西以避之。由此以观，蒋之不复需利用蔡，可断言也。

　　蔡元培在此一剪报上写道：一月“十九日，接香港《平民日报》二份(本年一月十日与十一日)、(社址摆花街二十三号，督印人叶天和)，载《辽海梦回室笔记选录》(四)(五)两则，题为《蒋中正与四老之离合》，于我多恕词，而于稚晖多责备。不知何人所著”。又于该剪报上方写有眉批：“当时并无出任艰巨意”、“军校生事在十七年”、“被殴事在二十年”、“是北平南下示威团，并非佩中央政校、军校证章者”〔2〕。

　　对于这篇不知作者为何许人的文章，蔡元培认为该文对吴稚晖“多责备”，而对自己“多恕词”，表露出某种不以为然的心态。蔡与吴稚晖交往颇深，非同恒泛，其思想志趣的一致方面，值得深究。不过，多年来对于“清党”一事，后人的目光似过于集中在少数当事人身上，对于吴稚晖、蔡元培等人的作用略有夸大之嫌。客观而言，1927年“清党”事件之发生有其必然性，需要从国共两党力量消长的内在逻辑解读史事，还需观照当时国内外复杂局势的综合因素，几个文人元老的真实作用不过是参与谋划和履行表面程序而已。需要注意的是，吴、蔡等人除了本党利益考量之外，究竟基于何种认识和判断作此选择，此一选择与他们长期的理性追求是何关系?看来欲透彻认知这一事件的原委尚需尽可能地接近“现场语境”。他们不惜“自毁清誉”的举动无疑将“五四”以来知识界的政治分化推向了极致，当年坐而论道的人们一旦投身实际政治也难免间接沾染上血腥气味。在中国，所谓议政与参政之间的实际距离和风险，或许就在于此。后人的曲意回护代为解脱，似均属多余无谓之举。