当1927年国民党浙江省党部改组时，蔡元培曾受命兼任青年部长，这一职务是否真的“做实”并不重要，这一安排显然是出于看重蔡氏在青年学生中的声望和影响所致。可是一年之后，作为大学院长的蔡元培在国民党中央会议上提出了取消青年运动的议案，他认为：非有关乎国族存亡的大问题，断乎不值得牺牲学业，那种为了教育界一些细碎之事而罢课游行甚至毁物伤人之举，已经背离了青年运动的本义，“就今日受痛苦最大之点言之，无过于未成年之学生参加政治斗争之一事”。因此，他提议取消学生会之类组织的活动。此举在当时就颇招物议，国民党内的邵力子认为，学生会在北伐前即有此组织，如不违反本党政策，自应存在，惟其固有系统与组织，有修改之必要。这一主张得到有关审查提案人员的“颇多赞同”。在北大任教的周作人对于“五四首魁”蔡元培竟出面提出这一议案也甚感惊异，在与江绍原等人的私函中颇有訾议。此时蔡元培的重要助手杨杏佛向报界澄清说：有关青年运动现在不宜继续的提案“并非蔡先生个人之提议，乃大学委员会及全国教育会议提出未决之案”（上海《时事新报》1928年8月5日、6日）〔3〕。据此看来，当时教育界确有止息学生运动的呼声，蔡元培的有关提案既有针对性，又有代表性，而人们对此的解读却始终见仁见智，甚至难以摆脱“五四”以来对于学生运动的固有思维定势。
　　
　　 国民党将三民主义融入国民教育之中，开“党化教育”的先河，备受后人讥讽和诟病。蔡元培主持大学院期间，正是国民党政权欲将“党化教育”推展到更广大区域的初始阶段，他与这样的“党国之策”究竟是怎样的关系，迄今尚缺乏有说服力的研究成果。一些论者或一味强调蔡氏坚守“教育独立”理想而与“党化教育”形成抵触，或认定蔡放弃了早年理想转而推行“党化教育”，难辞其咎。实则，蔡元培应是处在一种矛盾状态中。一方面，他改教育部为大学院，引入法国的大学区制，凸显教育的独立功能；另一方面，他又必须贯彻（孙中山）总理遗教，普及党义。前者更多体现自我追求，后者大体属于遵从“集体行为”。
　　
　　 “党化教育”作为国民党执政后的重大举措，早在广东一省时期即已初露端倪，建立南京国民政府后更是加大了实施力度。作为主持全国学政的最高主管官员，蔡元培在实施“党化教育”方面也必须有所动作。1928年6月初的一次会议上，蔡元培就公私立专门以上学校举行三民主义考试一事作出说明，“略谓此项考试，目的在测验各专门学校学生对于三民主义认识之程度及态度，以便根据测验结果，规定三民主义教科之内容，一切办法，已见大学院通告。此项测验，无论及格与否，不影响其学业成绩。但各大学、专门学校之学生必须一律受验。上海公私立各校均于一日中举行，试题将由大学院颁发”。从中可见“党化教育”初始阶段的一般情形。一个月后，蔡元培列席了国民党中央常务会议，该会议议程包括“制定各校增加党义课程暂行通则”等内容（上海《时事新报》1928年6月4日、7月31日）。同年冬，蔡元培还与胡汉民、孙科等人共赴“党歌曲谱审查委员会”，审定试奏的“国民党党歌”词曲。此类活动，似属于政治群体性质，其间究竟有多少属于个人“雅好”，尚有甄别和探究之必要。
　　
　　 需要指出的是，国民党早期“党化教育”的内涵还比较丰富，除了灌输党义，还包括推行教育平等、实施义务教育等多项内容，带有一些积极因素，其初衷是要荡涤旧式教育的僵硬模式，焕发新机。然而，在国民党一党体制下，却最终演变为领袖崇拜、教条禁锢和程式规制，致令学校师生大为反感。其实即使在国民党内，对于所谓“党化教育”的理解和实施也存在着因人因地因时而异的多种形态，“党化教育”内容和形式本身也在不断变化，未可一概而论。总体说来，所谓“党化教育”（亦称三民主义教育），形式大于实质，推行过程中窒碍重重，效果不佳。即使最显力度的抗战时期，国民党党团组织进入大中学校，力求影响和操控教授及学生，却也大多运转艰难，效力有限，稍有成绩的西南联大直属党部也只能采取“以学术领导党务”、“寓宣扬主义于学术研究之中”的策略，且还需国民党中央组织部长朱家骅不断下拨特别钱款“输血”支撑。至抗战结束前夕，国民党“六大”会议决议，撤销军队和学校内的党部，全国各学校的国民党党部随之相继关闭〔4〕。可知，纵使抗战这样的“非常时期”加强“党化教育”的实际情形亦不过如此。故而，如果仅仅依据蔡元培主持和参与了初期实施“党化教育”的部分活动，就断定他背离了早先的“教育独立”理想，甚而得出他热衷“党化教育”的结论，就未免过于皮相了。