祝汝佐在大学时期就开始了土蚕寄生蜂的研究。实践培养了他的兴趣，以后无论在江苏、浙江，还是在四川，他始终关心害虫天敌，特别是寄生蜂的调查研究。１９３２年他来到浙江省昆虫局，局长张巨伯委派他为寄生昆虫研究室主任。这是中国有关害虫天敌方面最早的研究机构。１９３３—１９３７年，祝汝佐先后发表了有关寄生蜂的论文达１２篇。这是我国寄生蜂寄生率考查、生物学、分类学及其利用研究方面的首批科学报告。其中，“江浙姬蜂志”（英文），报告了二化螟、稻苞虫、稻螟蛉、棉红铃虫、棉小造桥虫、棉卷叶螟、斜纹夜蛾、桑蟥、桑螟、野桑蚕、茶毛虫、菜粉蝶、松毛虫等重要害虫的姬蜂总科寄生物近６０种（姬蜂科２８种１型，茧蜂科２９种），内有３１种是我国首次的记载。“浙江省昆虫局之江浙小蜂及卵蜂名录”（英文），列举了小蜂、黑卵蜂４８种。“中国甲腹小茧蜂亚科及一新种之记述”（英文），记述我国甲腹小茧蜂亚科３属６种，包括１个新种，１个是中国第一次记载的“中国松毛虫寄生蜂志”，记述了江苏、浙江、山东等省的松毛虫寄生蜂２４种，包括２个新种，６个是中国第一次记载。“桑螟守子蜂生活之考查纪要”一文，开创了我国寄生蜂生物研究的先例。其内容包括命名、分布及寄主、饲养方法、各期形态特征、越冬、年发生世代数、发生经过，各期习性等。而“赤眼蜂生活之研究”，则是我国赤眼蜂研究的第一篇论文。

    祝汝佐不仅详细考查了桑蟥卵寄生蜂的种类、分布、生物学特性、寄生率消长情况，而且进行了放饲试验。１９３２年和１９３３年每年５月各放蜂１万余头，放蜂后分东、西、南、北四个方向分别考查非越冬卵和越冬卵的寄生率，这是我国首次放蜂试验。１９４８年他又与李学骝合作，进行过更大规模地实验。他们在浙江崇德４个自然村放蜂９次，总数达２４５万余头，这是当时规模最大的一次实验。结果非放蜂区卵寄生率为１６．９０—２０．０７％，而放蜂区达４１．２８％，寄生率提高达一倍以上；近放蜂区寄生率为３３．２０％，亦提高５０％以上。蟥害损失率在放蜂区降低５０％左右。

    抗日战争时期，祝汝佐在川北桑木虱的大规模防治中，根据详尽的调查研究结果，竭力提倡合理分工防治，其核心就是保护和利用天敌。桑木虱若虫期，寄生蜂和捕食昆虫很多，可以发挥天敌的作用，一般不进行防治；产卵期，可采用摘卵叶的方法消灭虫卵和初孵若虫；成虫因有密集习性，可采取网捕的方法。如此分工防治后，桑木虱若虫的主要寄生蜂——啮小蜂的寄生率迅速提高，基本上控制了桑木虱的为害。这种主张多种方法相互结合，充分发挥天敌作用的思想，对保护生态环境，又经济有效地解决虫害问题具有重要意义。他在松毛虫和稻螟卵寄生蜂的研究成果，对我国松毛虫和水稻螟虫生物防治的开展，具有很大的推动作用。１９８０年他与中国科学院动物研究所廖定熹等人合编的《天敌昆虫图册》，这是国内第一本天敌昆虫专著，无疑对推动我国生物防治工作起到重要作用。