１９２４年桑毛虫在我国大量发生，它不仅食害桑芽、桑叶，而且因有毒毛，桑蚕触之即患黑斑病，人若触之，皮肤即发炎疼痛，因此蚕农无不畏惧。１９２６年祝汝佐大学毕业，受江苏省昆虫局局长张巨伯之邀请，在该局从事桑树害虫防治的研究。他深入无锡调查，详尽研究了桑毛虫的生活史和各期生活习性，及时提出了简便有效的防治方法，１９３１年发表了“桑毛虫之生活史及防除方法”论文。

    桑蟥是桑树主要害虫之一。俗语说：“头蟥留一，二蟥上百”，江浙两省蚕区连年因蟥灾严重，致使秋蚕无法饲育，春蚕亦大受影响。祝汝佐从１９２９年开始，经过四年的时间，详细研究了桑蟥的分布、为害、形态、生活史、各期习性及天敌，并提出了有效的防治方法，其中巴豆乳剂是他所创制的。巴豆乳剂原料易得，价格低廉，制法简便，在当时是防治桑蟥最为有效的药物。从１９３０年至１９３７年止，祝汝佐对桑树害虫进行了较为广泛的研究，发表文章达１９篇之多，其中重要的还有：“桑尺蠖生活史之考查”、“桑虱之生活、天敌及防治法之考查”、“野蚕生活之考查”、“中国桑树害虫名录”（英文）、“桑蛀虫之生活史及防治法”等。这些是中国有关桑树害虫的第一批研究文献，具有很高的学术价值。

    １９３８年祝汝佐辗转来到四川，继续从事桑树害虫的防治研究。为了揭开川北桑木虱猖獗为害的真相，他深入虫区，对桑虱的分布、为害情况、损失估计、形态、生活史、习性、繁殖率和防治方法等都作了深入研究，探明了成虫有迁移及密集于柏树林与柏树林附近桑株的习性，从而提出网捕成虫、摘除卵叶及剪伐枝条等有效的防治措施。在他的倡议下，从省到县乡村，层层建立防治组织，通过大小会议，印发防治浅说、图解及各种宣传传单；举办游艺会、实物展览、防治示范等活动，使灾区群众家喻户晓。同时制定出治虫人员奖惩条例，规定根据蚕农捕获成就，摘除卵叶的数量，发给奖金或改良蚕种。经过４年的分期防治，川北６县共摘除卵叶１．２７亿片，捕获成虫１２５０公斤，剪伐若虫枝７．６万条，被动员起来的蚕农达４．８万人，杀灭虫数达１６７亿，直接挽回春叶在４７００万公斤以上。据统计１９３８年防治前春叶损失率为４６．４９％，１９３９年经防治后其损失率降为７．８９％，１９４０年、１９４２年又分别降至１．３７％和１．７９％。这次防治规模之大，组织之严密，措施之有力，成效之显著，在中国治虫史上尚属罕见。

    １９４５年，抗战胜利后祝汝佐回到杭州，他一面从事教学工作，一面继续从事桑树害虫的研究与防治。１９４８年，当时政府在祝汝佐的建议下，组织了江浙两省防治桑虫总队，祝汝佐兼任副总队长，在浙江崇德县等地大规模发动群众刮除桑蟥卵块，进行实地防治工作，取得了显著效果。

    １９５２年，他编著的《中国的桑虫》一书出版。该书扼要总结了他数十年调查研究的成果。此后在《中国桑树栽培学》、他主编的《农业昆虫学》等专著中都含有由他撰写的桑树害虫的章节，发表桑树害虫论文近３０余篇，为奠定中国桑树害虫的研究，作出了重要贡献。