回国后不久，杨兆龙“受聘为司法行政部法制专员” 。利用业余时间，杨兆龙和萧一山、余协中、祝世康等人，在南京成立经世学社，创办了《经世》月刊。 杨兆龙在经世学社时间不长，但短期内做了大量工作，除了担任过一段时间《经世》主编之外，还写了不少时政评论：《欧美司法制度的新趋势及我国今后应有的觉悟》、《司法改革中应注意之基本问题》、《法治的评价》、《领事裁判权之撤废与国人应有之觉悟》。 《经世》在1937年8月份改为《经世战时特刊》后，杨兆龙又陆续发表了《知识界阵线之统一》、《我们的出路》、《赶快跳出“口号”“标语”的圈子!》、《动员法总论》、《动员法总论》(一续)、《关于抗战期间政府组织问题的几种严重误解》、《德捷纠纷的动向》、《对德奥事件的感想》等文章。

　　在此前后，杨兆龙差点成为东吴法学院院长。 后经杨兆龙在东吴法学院的同事陈霆锐介绍，杨兆龙与哈佛校友、时任最高国防委员会的设计处长朱忠道相识，经朱推荐，杨兆龙被聘为最高国防委员会专门委员，负责研究国防相关的经济立法和战争立法方面的问题。随后，杨兆龙即奉上级之命，起草了《军事征用法》、《军事征用法实施细则》、《国家总动员法》，并经立法院讨论通过。最高国防委员会改为资源委员会之后，在资源委员会，杨兆龙结识了委员长翁文灏、副委员长钱昌照，翁文灏曾邀请杨兆龙担任经济部首席参事，后因家庭安排有困难而未到任，后任经济部农木局法制顾问。

　　随着抗战形势的加剧，国民政府在江西庐山海会寺成立庐山暑期训练团，调全国行政干部来此集训，由蒋介石担任团长。经萧一山介绍，杨兆龙成为该团特任讲师之一，讲授《军事征用法》、《军事征用法实施细则》及《司法与监狱之改良及管理》。其中，《司法与监狱之改良及管理》随后即出版。

　　1938年，杨兆龙随南京国民政府撤迁汉口，与焦实斋、王华堂、杜聿明等组织了“兴建研究会”，提倡改革政治，实行民主，振兴实业，积极抗日。是年10月25日，杨兆龙随资源委员会撤赴重庆。大约两年后，杨兆龙应西北联合大学校长胡庶华的邀请，任该校法商学院院长兼教授，“支持学生之进步运动，口碑甚佳”。 1941年11月，因与代校长陈石珍以及C.C派不和，随即被调离西北联大，转而任教育部参事，并担任法律教育委员会秘书长，从事法律教育改革的计划，撰拟审核法案命令，办理诉愿案件及特交事项。1942年，应国民政府军事委员会政治部部长张治中邀请，杨兆龙担任该部设计委员。

　　到重庆后，杨兆龙同时任中央大学、浙江大学、东吴法学院、朝阳法学院教授，先后讲授海商法、比较法、比较民法、比较刑法、诉讼法、行政法、法理学、法哲学等课程。尽管“过去六年中，我从未放弃过法律教育工作，如今我依然在重庆的一些法学院里教授比较法和法理学。” 但从1938年到1944年之间，杨兆龙只有两篇学术论文，即《最近德国宪法上分权制度之变迁》以及《宪政之道》，在学术刊物上公开发表。 抗战期间，杨兆龙中断了和庞德等老师的联系，甚至连庞德这几年新出版的著作都无法完整阅读到。

　　1944年中国比较法学社在重庆成立，杨兆龙当选为干事。1945年4月，时任司法行政部参事的倪征日奥奉谢冠生部长之命，邀请杨兆龙担任司法行政部刑事司司长，以便及时准备战后面临的惩办战犯等问题。