1937年,正当冠生园顺利发展之际,8月13日淞沪会战拉开了战幕。冠生园装了满满五卡车的食品,上前线慰劳抗日将士。然而,三个月后,上海沦陷。冠生园漕河泾农场变成日寇的军营和养马场,冠生园的许多门店都遭到日军的洗劫,生产饼干糖果的工厂也被焚掠,损失惨重。
冠生园成了带头内迁的企业之一。他们把罐头食品厂的全套机器设备和物资,从水路运往武汉,然而货船驶到半途被日寇飞机炸沉。百折不挠的冼冠生亲赴武汉筹建罐头食品厂,但武汉也很快被日寇占领。于是,冠生园罐头食品厂被迫转到湖南桃源县山区,用当地的牛肉和黄豆,制成“黄豆牛肉罐头”及饼干、面包等食品,继续支援抗日前线。
上海租界沦为“孤岛”后,经济上出现了畸形的繁荣。冼冠生决定抓住这一有利时机,重振旗鼓。他在公共租界和法租界租了多处房子,开设生产工场和销售门店,将冠生园的特色产品陈皮梅、饼干、月饼、糖果、罐头食品等全部恢复生产,每个门店都增设粤菜馆。赚来的钱,一方面用于扩大上海的经营业务,另一方面投向大后方,光是重庆一地,就建了多家食品厂和商店,还出资兴办了一所“南泉中学”。到抗日战争胜利,以冼冠生为总经理的上海冠生园食品股份有限公司,除在上海开设了37家工厂、商店、农场外,还在全国各地创办了几十家冠生园。这时,冠生园的事业也发展到了顶峰。